知文治的将帅，因此，治理很不到位。民族矛盾、阶级矛盾日愈突出，加之连年征战，水利失修，田园荒芜，边疆的政局一时动荡不安。
1274年的一天，忽必烈突然召见赛典赤，面带难色地对他说道：“云南是我亲自打下来的地方。近来，因为用人不当，使那里的百姓躁动不安。我打算选派一位谨慎厚道的官员去安抚，除了你没有再合适的人啊。”
赛典赤当即接受了任命。
他退朝以后便去访求一个熟知云南地理的人，请他绘出了云南的山川、城郭、驿舍、军屯营地及远近险要的地图，呈进给大汗。
忽必烈看到赛典赤做工作如此细致非常高兴，立即拜赛典赤为云南行省平章政事。
赛典赤成为云南设立行省以后的第一任行政长官，全面负责云南的政务。
这时，皇家宗王脱忽鲁正在云南镇守，听了左右人的谗言，以为赛典赤上任以后一定会夺去他的权力。于是，宗王集结军队，严阵以待。
赛典赤听说以后派遣长子纳速剌丁先到王府去说明情况：“天子鉴于云南的守臣不得其人，致使诸族背叛，故命臣来安抚。今来到云南，不敢专断独行。请宗王派人过来共同商议大计。”
宗王听罢立即斥骂下人道：“老子差一点被你们误导了！”
第二天，宗王派遣心腹撒满和位哈乃等前往赛典赤的官府。
赛典赤见到他们，客气地询问自己应该行什么礼节。
撒满和位哈乃回答说：“我等与纳速剌丁一同来，彼此视为兄弟。请用父子之礼相见。”
撒满和位哈乃献上了名马，向赛典赤行跪拜礼。
周围的人看到以后大为惊异。
赛典赤设宴款待撒满和位哈乃，并且将大汗赐给自己的金宝饮具送给了他们。
第二天，撒满和位哈乃前来辞别。
赛典赤说道：“你们虽然是宗王的亲臣，未有名爵，不能商议国事。我本来想授予二位为行省断事官，但是，因为没有和宗王磋商，所以不敢擅自给你们授职。”
于是，赛典赤让一个人先返回王府，禀告宗王。
宗王对赛典赤的做法十分钦佩，拱手交出了管理大权。
从此，云南打破了盘根错节的关系网，政令只听赛典赤一个人的指示，提高了行政管理的效率。
赛典赤抵达云南以后因地制宜，实行了一系列重大的政治改革。
赛典赤向朝廷呈奏道：“云南诸夷未归附者还有许多，今准备让宣慰司兼行元帅府事，听行省指挥。建议将大理(哈剌章)、云南地方的万户和千户改为州县长官。”
朝廷采纳了他的这些建议。
赛典赤将大理国的区域改设为云南行中书省，后来简称云南行省。他在全省设置郡县制，把原统治全省的军事单位总管府、万户府、千户所改立为相应的路、州、县行政区域，削弱了一贯强大的地方割据势力，用各民族的贵族头人与朝廷委派的官员相结合的方式任命官员，改观了一度纷乱的局面。
赛典赤十分重视培养民族官员