马占鳌有谋略，善言辞，在宗教界有崇高的地位，在群众中有很强的号召力。他的表弟马海晏有武艺，会军事，作战勇猛，拥有社会威望。马家的表兄弟可以说是一对绝佳的文武大将。
马占鳌首先召集起义军的大小头目，制定了全盘的战略方针。他说：“我们应该与西宁的马桂源联络，从大通出兵到扁都口，占领甘州、凉州和肃州。如果把这三个地方作为起义的根据地，那么河西走廊的五郡就都由我们来掌握了。牧马黄城滩，占据金城关，然后向东攻取秦州。至于狄道，即便是得到也不好防守，不如放弃。当年吐蕃在甘肃失败就是败在了狄道。首先，我现在要和你们共同约定，同时还要告诉汉人，一定要让老百姓照常耕种土地。老百姓太平了，你们坐享其成，何乐而不为呢？其次，一定要打通黄河与湟水之间的道路，为出征河西做准备。”
大家对他的观点都表示赞同。
第二年元月，马占鳌统帅各路起义军攻打河州城。他奋勇当先，带头爬上城墙，与敌人展开厮杀。
马占鳌的弟弟马占魁也爬上城头，在战斗中身负重伤，被清军用大火活活地烧死了。
马占鳌的起义军被清军打退了。
出师不利和弟弟的去世激起了他攻克河州城的决心。
马占鳌一面组织起义军继续围攻河州城，一面派遣人马四面出击，骚扰和打击清军；另一方面，先后派出两支队伍支援董志塬和金积堡的起义军。
11月1日，马占鳌指挥起义军终于攻克了围困长达11个月的河州城。
破城以后，马占鳌并没有采取以暴制暴的错误做法，而是三令五申不得大开杀戒，伤害无辜的各族百姓。
他首先下令不许杀害官府的文武官员，除了提前逃走的官员以外，派人把其余的文武官员护送出城。
马占鳌还下令，凡是愿意投诚皈依回教的汉人可以挂出白旗，戴上白色的号帽，一律不得杀害。
河州城里的大多数汉人为了保全性命，纷纷皈依了回教。
一些起义军将领心胸狭隘，素日就嫉恨汉人占据了土地富饶的北塬。他们在得意忘形之下擅自跑到北塬，杀害当地的老百姓。
马占鳌看到民族之间互相仇杀万分痛心，更是痛恨违反军纪的官兵，盛怒之下毅然辞去了大帅的职务，返回到自己的家中，闭门谢客，一心念经。
马永瑞等人只好三顾茅庐，出面向马占鳌承认了错误，保证今后不再重犯类似错误。
马占鳌这才返回了军营，重新担任起义军的大帅。
穆和迈平时对飞扬跋扈、贪得无厌的大清官员非常痛恨，因此自愿拿出了不少钱财资助起义军。
省城兰州的官员惊闻河州失陷，赶紧加强戒严，修固城垣，提防起义军前来攻打兰州。
护督恩麟看到清军无法用武力收复河州，便改变了进攻的策略，采取政治安抚的政策，多次派人到河州同起义军议和。
1865年2月，马占鳌代表河州起义军向代理陕甘总督的恩麟求抚，表示不敢自居叛逆。
陷于困境的恩麟顿时看到了希望，打算顺势采取暂时笼络、秋后算账的办法。
不少官员却持反对意见。